Действие I
Принц Тамино оказался один в чужих краях. На него нападает огромная змея. Принц теряет сознание, но когда приходит в себя, видит, что его спасли и чудовище убито. Папагено, птицелов Царицы Ночи, приписывает эту заслугу себе, но его быстро наказывают три дамы Царицы. Они вручают Тамино портрет Памины, дочери Царицы, которую похитил жестокий Зарастро. Тамино сразу же влюбляется в портрет. Появляется сама Царица Ночи и обещает отдать Тамино свою дочь в жёны, если он спасёт её. Три дамы дарят ему волшебную флейту и трёх духов-проводников. Папагено неохотно отправляется вместе с принцем.
Памина томится в подземелье храма Зарастро. Раб Моностатос домогается её, но его спугивает Папагено. Папагено рассказывает Памине о Тамино, что он любит её и обещал спасти. Тамино приходит в храм, там его встречает Оратор. Жрец говорит принцу, что Царица Ночи обманула его, и всё совсем не так, как ему представлялось.
Папагено и Памина убегают из подземелья, но их преследует Моностатос. Папагено зачаровывает погоню своими волшебными колокольчиками, но тут появляются Зарастро и его последователи. Памина кается, всё прощено, но Зарастро по-прежнему не отпускает её. Торжествующий Моностатос приводит пойманного им Тамино, но вместо награды получает наказание. Тамино и Памина наконец видят друга, но их разлучают: каждому предстоит пройти отдельное испытание перед посвящением в члены ордена Зарастро.
Действие II
Зарастро убеждает братьев принять Тамино в орден, если принц пройдёт инициацию. Начинается первое испытание Тамино и Папагено: испытание молчанием. Папагено почти сразу же начинает болтать, но Тамино держится стойко.
Царица Ночи жаждет мести и велит своей дочери убить Зарастро. Моностатос подслушал их разговор и угрожает выдать Памину, если та не уступит ему. Но Зарастро узнаёт обо всём, изгоняет Моностатоса и прощает Памину.
Папагено и Тамино всё ещё проходят испытание молчанием. Папагено ещё раз нарушает обет, заговорив с какой-то старухой. Тамино играет на своей волшебной флейте, и на этот звук приходит Памина. Она заговаривает с принцем, но тот не может ей ответить. Памина решает, что он её больше не любит. Зарастро приказывает Тамино и Памине проститься: они должны готовиться к своим испытаниям. Папагено тоже хочет получить жену, и к нему опять приходит давешняя старуха. Когда он неохотно соглашается жениться на ней, старуха превращается в юную красавицу Папагену. Однако её быстро уводят жрецы: Папагено её ещё не достоин.
Памина убедила себя, что Тамино её разлюбил, и хочет покончить с жизнью, но её останавливают три мальчика и говорят, что Тамино ей верен. Два воина в латах помогают Тамино приготовиться к последнему испытанию. Теперь он может говорить и воссоединяется с Паминой. Она решает пройти испытание огнём и водой вместе с ним.
Папагено, потеряв Папагену, в отчаянии хочет повеситься. Снова появляются три мальчика и советуют ему поиграть на волшебных колокольчиках. Влюблённые радостно воссоединяются.
Царица Ночи, её союзники и Моностатос в последний раз пытаются свергнуть Зарастро, но терпят поражение. «Лучи солнца изгоняют ночь, побеждают неправедную силу лицемеров», – объявляет Зарастро. Он принимает Тамино и Памину в орден, и все славят наступление новой мудрой эпохи.