Действие происходит в Москве в период между 1682 и 1689 годами
Первое действие
События происходят на Красной площади. Горожане встречают рассвет. Дозорные вспоминают расправу над боярами, совершённую днём ранее, о которой напоминает высеченный текст на столбе. Когда дозорные покидают площадь, появляется сторонник царевны Софьи боярин Шакловитый. Он диктует подьячему донос Петру, в котором сообщается о планах Хованских захватить власть. Собравшиеся на площади люди требует подьячего прочесть, что написано на столбе, после чего они приходят в ужас, узнав о расправе над боярами, которые были неугодны стрельцам. Появляется Иван Хованский, которого приветствуют стрельцы. После ухода князя со свитой, появляется лютеранка Эмма и влюблённый в неё Андрей Хованский, преследующий девушку. Прежняя возлюбленная Андрея, раскольница Марфа, защищает Эмму. Вернувшийся Иван Хованский застаёт их и гневается на сына, защищающего лютеранку, которая и ему самому приглянулась. В то же время, Андрей готов скорее убить её, чем отдать отцу; когда он уже был готов это сделать, появившийся глава старообрядцев Досифей останавливает разгорающийся конфликт
Второе действие
Второе действие происходит в кабинете князя Голицына, читающего любовное письмо от Софьи, чьим фаворитом он является. При этом он не верит ни в её преданность, ни в свою судьбу, а также его одолевает страх перед будущим страны. По его просьбе приходит гадалка — Марфа — которая предсказывает ему опалу. В ужасе он приказывает убить гадалку, но Марфе удаётся скрыться. Появляется Иван Хованский, скрытый соперник Голицына. Они ненавидят друг друга, и их спор перерастает в ссору, которую останавливает появившийся Досифей. Он обвиняет Хованского в потворстве стрелецкому пьянству и разгулу, Голицына — в пристрастии к европейским обычаям, и заставляет обоих подумать о спасении страны. Появляется Шакловитый, который сообщает, что Пётр получил донос, «обозвал хованщиной и велел сыскать»
Третье действие
События происходят в Стрелецкой слободе в Замоскворечье. Проходят в сопровождении толпы монахи с песнопениями. Оставшаяся одна Марфа переживает измену Андрея Хованского, не переставая его любить. Она напевает песню «Исходила младёшенька». Подслушавшая эту песню фанатичная раскольница Сусанна грозит Марфе судом. Вновь появляется Досифей, который защищает и утешает Марфу и прогоняет Сусанну. Появляется Шакловитый, которого беспокоит судьба страны. Когда он слышит песни стрельцов, то скрывается. Появляются стрелецкие жёны и отчитывают мужей с песней: «Ах, окаянные пропойцы!..» Веселье продолжается под песню Кузьки-стрельца, но внезапно обрывается, когда вбегает подьячий. Он сообщает, что приближаются петровские рейтары. У стрельцов мгновенно меняется настроение, и они просят Хованского выступить в ответ. Однако князь указывает всем идти по домам и ожидать «судьбы решения».
Четвёртое действие
Первая картина
События происходят в хоромах Ивана Хованского. Его пытаются развлечь крепостные девушки, однако князь всё равно остаётся хмурым. Появляется гонец, который передаёт предостережение от князя Голицына о «неминуемой надвигающейся беде». Хованский не может избавиться от навязчивых плохих мыслей и велит позвать персидок, которые исполняют танец. Появляется Шакловитый, который передаёт приглашение на тайный совет от царевны Софьи. Хованский польщён и приказывает подать парадную одежду, но внезапно его убивает наёмный убийца. Шакловитый саркастически допевает незаконченную хором девушек песню «Плывёт, плывёт лебёдушка…»
Вторая картина
Вторая картина происходит на площади у собора Василия Блаженного. Князь Голицын отправлен в ссылку. Марфа сообщает Досифею, что рейтарам дан приказ окружить скиты старообрядцев. Глава раскольников решается на самосожжение своей паствы и разрешает Марфе взять Андрея Хованского с собой. Последний появляется и ищет Эмму, одновременно проклиная Марфу. Когда та ему рассказывает, что его отец убит, а стрельцов казнят, он не верит ей и трубит в рог, созывая свой полк, однако на него никто не отзывается. Андрей понимает, что всё погибло, только когда видит стрельцов, которых ведут на казнь. Он просит Марфу спасти его, и та ведёт Андрея в скит. Прямо перед казнью появляется гонец (боярин Стрешнев), который объявляет о помиловании стрельцов.
Пятое действие
Действие происходит в окружённом скиту раскольников в бору. Досифей призывает к молитве, дабы предстать перед Богом чистыми. Старообрядцы поджигают скит. Марфа, мечтая в смерти воссоединиться с возлюбленным Андреем Хованским, а также он сам и все раскольники встречают гибель в огне.